به تازگی اسناد ملی نگهداری شده در سازمان اوقاف به دلیل ترکیدگی لوله آب از بین رفته‌اند، اتفاق قابل تأسفی که امکان احیای این اسناد را منتفی کرده‌است.
سازمان اوقاف دارای یک آرشیو مرکزی در خیابان نوفل لوشاتو است که در طبقه منفی دو یک ساختمان قرار دارد که قبلاً از شهرداری خریداری شده‌بود. این طبقه قبلاً در ساختمان خریداری شده، محل استخر بوده‌است! وقتی سازمان اوقاف این ساختمان را خریداری کرد، این استخر را به آرشیو مرکزی اسناد خود تبدیل کرد. ظاهراً راه‌های ورودی آب را بسته و استخر را تبدیل به آرشیو کردند. این تبدیل وضعیت خودش یک مسئله مبهمی است که محلی به اهمیت آرشیو مرکزی اسناد در جایی تعبیه شده که از همان روز نخست می‌توان حدس زد بعداً با مشکلاتی مواجه خواهد بود.
در سال‌های اخیر سازمان اوقاف شروع کرد به تجمیع اسناد. این تجمیع اسناد به این شکل بود که از همه شهرستان‌ها و مراکز استان‌ها، درخواست اصل اسناد کرد تا در یک آرشیو مرکزی نگهداری شود. این نوع تجمیع اسناد قبلاً هم در کشورهای دیگر تجربه شده و کار بسیار خطرناکی است و به هر حال یک اتفاق ناخواسته موجب می‌شود که همه اسناد از بین بروند و در مجموع تجمیع اسناد، ضریب امنیت بسیار پایینی دارد. در صورتی که اسناد تقسیم باشد در استان‌های مختلف، اگر هم اتفاقی بیفتد، حداکثر بخشی از این اسناد از بین می‌رود. ولی زمانی که تمام اسناد در یک مکان تجمیع می‌شوند، همه اسناد در معرض خطر قرار دارند.
مدیر کل روابط عمومی و روابط بین‌الملل سازمان اوقاف در مصاحبه‌ای با خبرگزاری فارس عنوان کرد که همه اسناد سالم هستند و جای نگرانی نیست و از همه اسناد هم نسخه الکترونیکی داریم. چنین چیزی نیست. بسیاری از اسناد ملی سازمان اوقاف اصلاً نسخه الکترونیکی ندارند و آنچه از بین رفته دیگر قابل احیا نیست. مسئله مهم که در این میان وجود دارد و دلیل اهمیت دادن به این اسناد است، اینکه این اسناد اصلاً اسناد سازمانی نیستند و این اسناد ملی هستند. موضوع وقف و اوقاف یک بخشی از تاریخ ایران است. اصلاً اینطور نیست که یک سند وقفی یا یک وقف‌نامه فقط موضوعیت اداری و سازمانی داشته باشند.
سازمان اوقاف در طول سالیان گذشته در خصوص پژوهش‌های اجتماعی و تاریخی، بسیار بسته عمل کرده‌است؛ یعنی نه اسناد را در اختیار محققان قرار داده و نه دانشجویانی که می‌خواستند پایان‌نامه خود را در زمینه اسناد به انجام برسانند، موفق به دسترسی به این اسناد شده‌اند. در مجموع نوع نگاه حراستی به این اسناد که نه فقط اسناد وقفی بلکه واقعاً اسناد ملی هستند، موجب می‌شود در شرایطی که اتفاقی برای اسناد بیفتد، امکان بحث و حل مشکل وجود نداشته باشد.
وقتی به هر دلیلی یک چنین حوادثی برای مجموعه‌ای از اسناد ملی رخ می‌دهد، می‌توان از آن به عنوان فاجعه یاد کرد. این اتفاقات که با تمرکز اسناد در یک مکان، همه آن‌ها را به نابودی می‌کشاند، قابل جبران نیست. وقتی چنین حوادثی کتمان می‌شود، تبعات ناگوار متعددی خواهد داشت.