ستاد کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری با انتشار اطلاعیه ای به ابهامات مطرح شده پیرامون حکم محکومیت او در سال ۱۳۹۵ پاسخ داد.
توضیحات ستاد علیرضا زاکانی کاندیدای سیزدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری با عنوان« پاسخ به شایعه در خصوص ابهام مطرح شده پیرامون حکم محکومیت دکتر علیرضا زاکانی در سال ۱۳۹۵» به شرح زیر است:
«انتشار تصویری از رأی دیوان عالی کشور مبنی بر محکومیت دکتر علیرضا زاکانی در سال ۱۳۹۵، به‌عنوان مدیرمسئول هفته‌نامه پنجره، موجب ابهاماتی در شبکه‌های اجتماعی و هجمه‌های ناآگاهانه و بعضاً کینه‌توزانه به شورای نگهبان شد، از این رو لازم به توضیح و شفاف‌سازی است که این حکم به دلیل شکایت نهاد ریاست جمهوری و وزارت نفت به اتهام نشر اکاذیب صادر شده بود که پس از فرجام خواهی از رأی صادره با اعتراض و درخواست دکتر زاکانی، مورد اعاده دادرسی و اعمال ماده ۴۷۷ قانون آیین دادرسی کیفری قرار گرفت و نهایتاً موجب برائت ایشان از اتهامات وارده شد.
در رأی قطعی‌الصدور شعبه سیزدهم دیوان عالی کشور مورخ ۱۳۹۸/۴/۴ مبنی بر نقض دادنامه مذکور و استماع دفاعیات دکتر زاکانی از سوی هیأت منصفه مطبوعات و با اشاره به اینکه ایشان در چند دوره نمایندگی مجلس شورای اسلامی به عنوان کمیسیون تحقیق و تفحص پس از اطلاع یافتن از مفاسد اقتصادی در جهت دفاع از بیت‌المال و حقوق عامه مبادرت به اطلاع‌رسانی نموده و هیچ‌گونه نفع شخصی در انتشار مطالب نداشته و در جهت مصالح کشور اقدام نموده، رأی سال ۹۵ خلاف شرع بین تشخیص داده شد و به استناد ماده ۴۶۹ قانون آئین دادرسی کیفری، برائت ایشان اعلام و محکومیت ایشان نقض شد و به استناد ماده ۴ قانون آئین دادرسی کیفری حکم بر برائت از اتهام انتسابی (نشر اکاذیب) صادر گردیده است.
بر اساس توضیحات فوق استناد منتقدین به حکم سال ۹۵ در خوشبینانه‌ترین حالت از سر ناآگاهی به اعاده دادرسی و حکم سال ۹۸ می‌باشد و دکتر علیرضا زاکانی در لحظه تأیید صلاحیت برای حضور در سیزدهمین دوره انتخابات ریاست جمهوری هیچ‌گونه محکومیت نداشته و از حکم پیشین تبرئه شده است.»